En 1789, la Révolution française éclate, signant la fin de la monarchie. Les années qui suivent sont marquées par la volonté d'effacer tous les symboles de l'Ancien-Régime. Pendant la Terreur, le phare de Cordouan est de nouveau au centre de toutes les attentions.

Il demeure en effet un symbole important de la monarchie, qu’il convient de mettre à bas. C’est dans cette idée que sont organisés, en 1793, l’enlèvement de « toutes les effigies royales et l'effacement des inscriptions » se trouvant dans le phare. Seul « le buste de la niche à l'entrée de la salle du bas » est laissé sur place en raison de son poids et de sa taille importante empêchant son transport.

Pendant ce temps, des travaux de grande envergure ont pourtant lieu à Cordouan : l’ingénieur Joseph Teulère réside au phare, dans le but de le surélever et d'y installer de nouveaux feux à réverbères. A travers sa correspondance avec son ami Guy-Louis Combes, architecte à Bordeaux, on peut suivre son intérêt pour l’évolution de la situation politique de la France, son soutien à l’établissement de la République ainsi qu’une certaine frustration d’être « perdu en mer » alors que des événements aussi importants ont lieu.

Ainsi, en cette période troublée, le phare de Cordouan voit son image se transformer : on pense à détruire la dimension symbolique du monument tandis qu’on cherche à améliorer l’aspect utilitaire du phare.