Battu par les vagues à marée haute, lessivé par les tempêtes, Cordouan subit des conditions extrêmes qui imposent à son propriétaire, l’État, une politique d'entretien coûteuse et complexe. Le sel ronge la pierre, l'eau s'infiltre, l'humidité menace les locaux techniques et les logements de la couronne qui entoure le phare.
Classé monument historique en 1862 après une importante campagne de travaux, le phare est renforcé à sa base en 1926. Le béton rigidifie l'ensemble de la structure et transmet jusqu'au sommet de la tour d'inquiétantes vibrations. Des rapports des monuments historiques alertent régulièrement les Phares et Balises de cette situation, et une importante campagne de travaux financée par le ministère de la Culture et les collectivités territoriales est menée dans les années 1980. Dans les années 2000, les deux ministères – Culture et Équipement/Écologie – et les collectivités territoriales s'accordent sur le financement de travaux urgents et spectaculaires, conduits en 2005 par l'entreprise Guintoli. La partie du phare la plus exposée à la houle du large est désormais protégée par une carapace de béton de 70 mètres de long, 8 mètres de haut, 80 centimètres d'épaisseur en partie basse et de 30 centimètres d'épaisseur en partie haute, posée sur un socle de béton et ancrée au sol grâce à 132 pieux d'acier.
Le prochain chantier est l'étanchéité de la couronne, dont une partie a pu être financée par le Ministère de l'Écologie en 2010. La difficulté technique et le coût des travaux à la mer doivent aujourd'hui s'inscrire dans une mutation du site dont la gestion quotidienne a été confiée par l'État à un syndicat mixte, le SMIDDEST. Un plan de valorisation donnant un horizon clair pour l'avenir du phare permettra de dégager les moyens nécessaires à son entretien, dans la perspective d'un classement au patrimoine mondial de l'humanité.
