La protection au titre des monuments historiques est longtemps demeurée très exceptionnelle.
Les premiers phares classés
Pourtant, un phare en activité figure sur la lsite des monuments classés en 1862 ; le phare "royal" de Cordouan, au Verdon-sur-Mer (Gironde). Par la suite, seuls seront classés d'anciens feux ou phares, depuis longtemps éteints (tour de la Lanterne, classée en 1879, ancien phare des Baleines, classé en 1904...). Il faudra attendre 1997 pour qu'un autre phare en activité, celui de Bel-Air à Sainte-Suzanne (Réunion, 1847) soit inscrit au titre des monuments historiques.
Les années 2000, inventaire patrimonial des phares de France
Avec l'intérêt croissant pour la protection du patrimoine industriel, scientifique et technique, dans le dernier quart du XXe siècle, le service des monuments historiques s'était cependant intéressé aux phares du littoral. Mais le service des phares et balises était alors réticent à toute protection au titre des monuments histriques d'équipements de signalisation, qui devaient pouvoir être adaptés à l'évolution des techniques.
La diminution de l'intérêt stratégique des phares, avec l'apparition d'autres moyens de repérage maritime (guidage par satellite), le retrait progressif des gardiens qui les occupaient, et leur dimension culturelle et touristique croissante, ont changé cette situation, et au début des années 2000, les deux ministères concernés se sont entendus pour conduire un inventaire patrimonial des phares de France, puis pour envisager la protection des plus intéressants au titre des monuments historiques
2010 et 2012, Commission nationale
Les commissions régionales du patrimoine et des sites ont ainsi, dans chaque région littorale, proposé une quarantaine d'inscriptions au titre des monuments historiques, et autant de classements, qui ont été soumis à la Commission nationale, lors de deux séances thématiques, les 22 novembre 2010 et 18 juin 2012.
À l'issue de ces deux séances, 80 phares sont protégés au titre des monuments historiques, dont 37 classés et 43 inscrits. L'essentiel du parc protégé est désormais constitué de phares en acivité, représentant les différentes grandes périodes de construction :
- les phares antérieurs à la Révolution,
- les phares du grand programme de 1825, tirant parti de la lentille de Fresnel,
- les phares "Reynaud" du Second Empire,
- les phares "monumentaux" de la fin du XIXe siècle
- et les phares de la Reconstruction.
Le cas particulier des "Enfers" de la mer d'Iroise
Seuls ont, pour l'instant, été exclus les "Enfers" de la mer d'Iroise. Ces phares figurent porutant parmi les plus célèbres de France, et certains présentent un réel intérêt architectural ou technique. Cependant, il a été jugé préférable de conduire une réflexion spécifique en ce qui les concerne, compte tenu de leur caractère particulier. Telle est l'une des missions de l'observatoire des phares d'Iroise, regroupant la direction interrégionale de la mer nord-Atlantique Manche-ouest, la direction régionale des affaires culturelles de Bretagne et le parc naturel matin d'Iroise, et créé le 12 août 2011.