Cordouan est un plateau rocheux émergé à marée basse, qui se prolonge vers la pointe du Verdon. La partie sommitale accueille le phare aujourd’hui. De gigantesques mouvements de sable ont fait et défait des bancs de sable au gré des siècles, barrant l'embouchure parfois, allongeant la pointe de la Coubre, fermant ou ouvrant à la mer les Combots d'Ansoine, reliant Cordouan à la pointe du Verdon pour l'en séparer plus tard. Le banc de la Mauvaise, celui des Asnes sont bien connus autour de Cordouan. En 2011, un nouveau banc de sable fait apparaître un îlot entre Cordouan et Royan, quand l’accès au phare est rendu plus difficile à chaque saison par les amoncellements mouvants à l’est de Cordouan. La vie s’installe sur les zones rocheuses - moules, algues, anémones, étoiles de mer, crabes, poissons - tant que le sable ne vient pas modifier le substrat.
Les travaux de construction du phare ont obligé les concepteurs à créer une île sur le plateau rocheux, afin de stabiliser l’assise des travaux. Un système de piégeage du sable forcément temporaire a ingénieusement utilisé le processus naturel d’apport de ce sédiment. Des rondins fixés par des enrochements ont permis sans doute de constituer ce plateau sableux peu élevé, mais suffisant pour le chantier, puisque inondé seulement aux fortes marées. Plus aucune trace sur le site ne subsiste de cette infrastructure au bout de quatre siècles, ce qui, compte tenu des forces en présence, n'a rien de surprenant. Il est très probable que rapidement après le chantier, les rondins échoués sur les plages ont été recyclés en bois d'œuvre, et les roches sont devenues sables.
