Que saurions-nous de Cordouan si ce bâtiment n'était pas un puits sans fond pour l'argent public ? Les questions relatives aux travaux à financer, aux droits de feu collectés auprès des usagers ou aux gratifications des gardiens, laïcs ou religieux, figurent parmi les archives les plus anciennes. Ainsi une charte de 1409 autorise l'ermite Geoffroy de Lesparre à prélever un droit sur les navires transportant du vin pour financer l'entretien de la tour des Anglais.
Le projet pour la nouvelle tour prévoit que sa construction et son entretien soient directement assumés par le roi. Mais la construction de phares à la fin du XVIIe siècle – Chassiron et les Baleines – impose de nouvelles règles de gestion publique. Si ce n'est le roi, qui doit financer l'entretien de Cordouan ?
La réponse est simple et s'inspire de la gestion anglaise : c'est l'usager remontant la « rivière de Bordeaux » qui doit payer le feu. En revanche, la mise en œuvre au quotidien n'est pas si simple dans un pays faiblement administré par l’État. En 1686, sur le modèle choisi pour la tour de Chassiron un an plus tôt, le roi accorde un brevet à un certain Masson, huissier au parlement de Paris, qui devient gouverneur de la tour de Cordouan. Il s'agit d'un affermage par lequel l'intendant du roi délègue la perception des droits de feu.
Ce modèle va fonctionner jusqu'à la Révolution, des arrêts du Conseil de marine fixant les droits perçus par le « receveur des droits de la tour de Cordouan », soit quelques sols par tonneau. Ce receveur paye l'entretien du feu, les gages des gardiens et... les appointements d'un aumônier.
Il faut attendre les dernières années de l'Ancien Régime et l'apparition des réflecteurs de Tourtille-Sangrain pour que la gestion des phares, jusqu'alors très éclatée, devienne « nationale » avec un entrepreneur unique assurant l'entretien des feux du royaume, dont Cordouan.
