Au Moyen Âge, Cordouan est un site religieux. En 1088, une charte de Cluny relate l'installation, sur l'île, de l'abbé Étienne de Saint-Rigauld et du frère prieur Ermenaud, pour se retirer du monde. Les habitants des environs, venant de la terre ferme, commencent alors à leur rendre visite en quête de réconfort spirituel. Mais les abords de l'île sont trop dangereux et les moines se sentent responsables des naufrages. Ils quittent Cordouan et s'installent à la pointe de Grave. En 1092, « Etienne, abbé et ermite de l'île de Cordouan » fait partie des témoins de la fondation du prieuré Saint-Nicolas à Royan, appartenant à l'abbaye de la Sauve-Majeure, comme l'ermitage clunisien de Cordouan. Bien que rien ne le prouve, les moines auraient été chargés de sonner une cloche et d'allumer un feu en cas de danger pour les marins. Après 1360, lorsque l'Angleterre domine la Guyenne, le Prince Noir, Édouard de Woodstock, prince de Galles, fait construire une tour à feu pour guider les navigateurs, ainsi qu'une chapelle dédiée à la Vierge. Une taxe au passage des bateaux permet de subvenir à l'entretien de la tour et à la vie des ermites, comme l'indique une quittance à Geoffroy de Lesparre, ermite de « Notre-Dame de Cordouan », en 1409. En 1472, les ermites de Cordouan demandent une hausse de cette taxe, rappelant que la tour a été voulue par le pape Grégoire IX, afin d'entretenir un fanal pour guider les navires. L'existence d'un feu à Cordouan serait donc attestée dès les années 1230.
