L’estuaire de la Gironde commence au bec d’Ambès, non loin de Bordeaux, à la confluence entre la Dordogne qui prend sa source au pied du Massif Central et de la Garonne, qui vient des Pyrénées. Les courants de marée de l’Atlantique sont ressentis jusqu’à 150 km de l’embouchure, et forment parfois le mascaret, cette vague qui remonte le cours de la Gironde et des deux fleuves.
Un estuaire est un espace de vie et de mouvement. Il est un vaisseau de transport de produits en apparence inertes provenant de l'érosion naturelle de la montagne, des berges et des fonds. La faune et la flore inféodées à l’eau douce, l’eau salée ou au milieu saumâtre, sont particulièrement diversifiées. Certaines espèces pouvant vivre avec l’eau et sans, selon les saisons et les marées. On trouve des migrateurs (esturgeons, anguilles, oiseaux des marais ou rapaces), des habitués du marais (ragondin, tortue cistude, écrevisse, loutre, vison), des plantes endémiques au nom poétique (angélique de l’estuaire, fritillaire pintade). L’homme s’est installé sur les coteaux, les falaises, dans les marais et a construit ce paysage estuarien. La navigation liée aux transports, au loisir ou à la pêche est modeste aujourd’hui.
Dans l’estuaire, les minéraux et la matière vivante se conjuguent selon des combinaisons aléatoires et changeantes. Dans le plus fort du courant ou à l'abri d'un havre, en surface ou dans la vase, dans les limons ou dans le bouchon vaseux, on trouve microorganismes, algues, mousses, plantes, crevettes, mollusques, poissons. Les courants sont constants, et changent de sens à chaque marée. L’eau est turbide et chargée, au point d’en paraître dorée. Quand quelques limons se sont déposés sur un haut fond, jusqu’à allonger les berges vers le lit du fleuve, voire en formant une île au bord du chenal, une nouvelle vie terrestre se développe, avec des cortèges animaux et végétaux adaptés aux inondations régulières.
