Dès sa création au début du XIXe siècle, le Service des phares est conscient du caractère exceptionnel du site de Cordouan sur le plan de l'architecture et de l'histoire.
Les ingénieurs lui accordent une attention particulière. Il fait l'objet d'une importante restauration sous le Second Empire et entre dès 1862 dans la liste des bâtiments protégés au titre des Monuments Historiques. Il fut longtemps le seul phare à qui cette reconnaissance a été accordée.